Viện Khoa học Liên ngành được thành lập theo Quyết định số 3233/QĐ-NTT ngày 27 tháng 12 năm 2024 trên cơ sở đổi tên Viện Khoa học Xã hội liên ngành (được thành lập theo Quyết định số 790/QĐ-NTT ngày 19 tháng 11 năm 2021 của Trường Đại học Nguyễn Tất Thành). Viện có chức năng thực hiện nghiên cứu những vấn đề lý luận và thực tiễn thuộc các lĩnh vực khoa học liên ngành dưới tác động của toàn cầu hóa, hội nhập quốc tế và khu vực; đào tạo và liên kết đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao đáp ứng nhu cầu xã hội; và tư vấn chính sách và thẩm định chương trình, dự án, đề tài thuộc các lĩnh vực khoa học liên ngành.